En los últimos años, Chile ha suscrito importantes instrumentos internacionales de protección de los derechos de los pueblos indígenas. En 2007, concurrió con su voto a la adopción por parte de la Asamblea General de las Naciones Unidas de la Declaración Universal de Derechos de los Pueblos Indígenas, mientras que en 2008, tras 18 años de tramitación legislativa, ratificó el Convenio 169 de la OIT, sobre Pueblos Indígenas y Tribales en Países Independientes, considerado el tratado más relevante en la materia.

El Centro de Derechos Humanos estudia y da seguimiento a la implementación del Convenio 169, en cuanto introduce obligaciones para Chile en materia de participación y consulta de pueblos indígenas, así como administración de recursos naturales en territorios indígenas, y normas sobre tierras.

Entre 2008 y 2015, el equipo del Centro ha ejecutado proyectos de investigación sobre derechos de los pueblos indígenas y publicado 3 libros y dos guías prácticas. Para ello, obtuvo financiamiento de la Unión Europea, de la Fundación Ford y del Fondo Finlandés de Desarrollo.

De manera periódica, el Centro documenta violaciones a los derechos de los pueblos indígenas en el Informe Anual sobre Derechos Humanos. Además, ha levantado las brechas entre el derecho internacional sobre los derechos de los pueblos indígenas y la regulación económica y sectorial, particularmente, de la industria forestal, minera y la acuicultura.